一、 省內轉考
須省內轉考的考生（含試點專業），可直接登入福建自考網考籍系統中辦理。
二、 省際間轉考
1、本省轉外省
考生因工作需要或調動，要求轉往省外的，應持準考證、課程合格證及課程合格證復印件向各設區市自考辦提出申請。考生如因暫時或短期在省外工作可考慮不必辦理轉出手續，可將在省外取得的成績轉回，與原檔案合并。
各設區市自考辦工作人員要認真審驗準考證、合格證書，確認無誤后，打印“高等教育自學考試轉考申請登記表” 交考生帶到外省辦理手續。
試點專業考生因工作需要或調動，要求轉往省外的，應持準考證、課程合格證直接到省自考辦考籍科提出申請。考籍科工作人員根據考生提供材料確認無誤后，打印“高等教育自學考試轉考申請登記表”交考生帶到外省辦理手續。
根據教育部教考試[2006]3號文件規定：轉考考生應當在轉入地取得專科不少于5門，本科不少4門的合格成績，方可在轉入地申辦畢業手續（戶口遷移者、軍人或者國家機關事業單位人員工作變動、被普通高等或者中等學校錄取者除外）。凡類似以上情況的考生請慎重考慮是否辦理轉考，以免造成不必要的麻煩。
省自考辦根據設區市自考辦的轉考名單，將考生的考籍檔案寄往有關省、市自考辦，一般在每年的三、六、九、十二月辦理。
2、外省轉入本省
從2008年11月份開始，考籍檔案從外省轉入我省的考生，先登入福建自考網（www.fjzk.com.cn）查核檔案是否到達本省，然后持外省轉考介紹信或轉考申請登記表以及所有課程合格證書或成績證明,直接到轉入的縣（市、區）自考辦辦理轉入手續，不必到省自考辦辦理。
各縣（市、區）自考辦要認真審驗考生提供的材料是否齊全，開具“福建省高等教育自學考試外省轉入登記表”給考生做為憑證。
考生在外省已取得的合格課程可頂替該專業相同課程，我省如無相同的專業，考生可考慮轉入其它專業。不論是轉入相同專業或其它專業，考生均應按我省計劃參加考試，不同的課程將作無效處理。
如果轉入考生出現�？剖Ｏ抡n程不足5門，本科剩下課程不足4門的情況，根據教育部教考試[2006]3號文件規定，應要求考生寫出書面報告，主動放棄若干課程，重新在我省參加考試，以達到要求。